Марина Третьякова с 2003 года работает в системе налоговых органов. Она создала и возглавила крупнейшую в стране специализированную инспекцию ФНС России N 46 в Москве по регистрации физических и юридических лиц. С ее участием была введена система электронной очереди. В 2005 году Третьякову назначили замруководителя Управления ФНС России по Москве. Она возглавляла управление в Роснедвижимости, а затем Межрегиональную инспекцию ФНС России по Центральному федеральному округу.
21 января этого года Третьякова переведена на должность руководителя Управления ФНС России по Москве. Как сказано в приказе минфина, "для решения первоочередных задач по повышению качества и эффективности налогового администрирования". Ее предшественница - Людмила Воробьева - переведена на работу в Минобороны России.